Free Download Publications

Моделирование влияния точечных мутаций на устойчивость белковых димеров на примере семейства белков Bcl-2

Pазработан новый метод, который позволит синтезировать пептиды с заданными физико-химическими свойствами, например, с высокой аффинностью к одному целевому белку, добиваясь низкой аффинности к другим белкам, и определять устойчивость белковых комплексов при точечных заменах аминокислотных остатков с учетом трехмерной структуры комплекса на примере семейства белков Bcl2, тем самым добиваясь точечной терапевтической избирательности при лечении различных патологий. Ключевые слова: константа диссоциации, трехмерная структура, энтропия, аминокислотный остаток.


Анализ электростатических взаимодействий аминокислотных остатков на примере образования димера Nap1-Nap1

Представлен новый метод, который позволяет анализировать потенциальную энергию электростатического взаимодействия белковых комплексов при точечных заменах аминокислотных остатков с учетом трехмерной структуры комплекса на примере образования димера Nap1-Nap1. Были разработаны карты потенциальной энергии электростатического взаимодействия попарно взятых аминокислотных остатков участвующих белков. Проведен анализ взаимодействующих белков с учетом трехмерной структуры. Ключевые слова: конформация, гидрофобные взаимодействия, ключевые аминокислотные остатки, кластер.


Математическое моделирование линейного докинга. I. Определение участков связывания между белковыми молекулами

Представлены результаты математического моделирования взаимодействия различных аминокислотных последовательностей белков Mdm2, Р53 и Nap1, согласно разработанным алгоритмам, с помощью которых были идентифицированы участки связывания различных белков при образовании ими биологических комплексов: Р53-Mdm2, Mdm2-Mdm2, Nap1-Nap1. Разработанный подход позволит определять активные участки связывания полипептидных цепей различных белков, а также подбирать и синтезировать высокоселективные пептиды, которые будут связываться в активном центре белка и приводить к его активированию или ингибированию и блокировке его биологических функций.


Математическое моделирование линейного докинга. II. Определение влияния точечных мутаций на сродство между белковыми молекулами

Представлен новый метод, который позволяет качественно определять константу диссоциации пептидов к полноразмерным белкам, а также устанавливать влияние точечных мутаций в пептидах на устойчивость образованного комплекса с целыми белками. На основе разработанного подхода была выявлена качественная корреляция полученных результатов с константой диссоциации на примере образования биологического комплекса BH3-пептидов белков Bmf, Puma, Bad, Hrk, Bax, Bik, Noxa, Bid, Bim, Bak с белком Bcl-xl и BH3-пептидов белка Bax, с учетом замен аминокислотных остатков, с белком Bcl-2.


Математическое моделирование влияния температуры на характер связывания мономерных белков в водных растворах

Работа посвящена математическому моделированию исследования влияния температуры на стабильность гистоновых димеров Н2А-Н2В и НЗ-Н4 путем изучения их поведения в различных температурных режимах от 20 до 50oC. Изучение термической стабильности двух димеров в водных растворах при различных температурах выявило разнохарактерное поведение гистоновых димеров при температурах от 20 до 50oC. Проведенный анализ показал, что димер НЗ-Н4 выявляет склонность к агрегированию за счет увеличения силы связывания между гистонами НЗ и Н4. Исследования поведения гистонового димера Н2А-Н2В выявили различные температурные переходы в структуре гистонового димера с максимальным пиком на температуре 45oC.


Математическое моделирование образования гистонового октамера

Разработана физическая модель взаимодействия белковых молекул и их способности образовывать сложные биологические комплексы для случая in vitro в растворе одновалентной соли. Изучены их реакционные способности с использованием методов электростатики на примере пошагового образования гистонового октамера из белков H2A, H2B, H3, H4. Для анализа способности белковых молекул образовывать соединения, проанализирована матрица потенциальной энергии взаимодействия белковых молекул в растворах с различной концентрацией одновалентной соли. DOI: 10.21883/JTF.2017.05.44437.2041


Математическое моделирование образования комплекса белковых молекул с учетом их доменной структуры

Представлена физическая модель взаимодействия белковых молекул и проведен анализ их способности образовывать сложные биологические комплексы, а также изучены их реакционные способности с использованием методов электростатики на примере белков гистонового шаперона Napl и гистонов H2A и H2B. Проанализирована способность белков образовывать устойчивые биологические комплексы с учетом различных участков аминокислотных последовательностей. Проведен анализ способности белковых молекул образовывать соединения путем расчета матриц потенциальной энергии электростатического взаимодействия аминокислотных остатков полипептидной белковой цепи. Для анализа способности белковых молекул образовывать сложные биологические соединения применен метод блочных матриц.


Математическое моделирование взаимодействия белковых молекул и прогнозирование их реакционной способности

Разработана физическая модель взаимодействия белковых молекул. Изучены закономерности их реакционных способностей с использованием методов электростатики на примере изучения двух гистоновоых димеров H2A—H2B и H3—H4, собранных из мономеров. Представлены моделирование образования гистоновых димеров из различных мономеров и анализ их способности к образованию устойчивых соединений посредством анализа матрицы потенциальной энергии с использованием числа обусловленности. Приведены результаты расчетов моделирования процессов электростатического взаимодействия образования димеров из полных аминокислотных последовательностей выбранных белков и их укороченных аналогов. Расчеты выполнены с учетом экранирования электростатического заряда заряженных аминокислот при различных концентрациях одновалентной соли с использованием теории Гуи—Чепмена.


Определение размеров коллоидных частиц при помощи метода динамического рассеяния света

Описаны функции распределения по размерам для коллоидных частиц, полученные при помощи метода динамического рассеяния света как для случая поляризованной компоненты, так и для случая деполяризованной компоненты. На основе электронно-микроскопического исследования коллоидных частиц построены гистограммы распределения частиц по размерам. Проведенный численный анализ показал хорошее согласие между экспериментально и теоретически полученными распределениями по размерам. Вывод функции распределения по размерам базировался на решении соответствующих интегральных уравнений методом регуляризации по Тихонову.


Моделирование типов связывания алкалоида коралина с ДНК

Исследовано взаимодействие синтетического протоберберинового алкалоида коралина с двойной спиралью ДНК тимуса теленка в водном солевом растворе методами оптической абсорбционной спектроскопии и спектрополяриметрии. Рассмотрены зависимости спектральных характеристик алкалоида от соотношения концентрации пар оснований ДНК к концентрации молекул алкалоидов. С помощью модифицированных уравнений МакГи и фон Хиппеля определены параметры связывания алкалоида коралина с двойной спиралью ДНК.

error

Enjoy this blog? Please spread the word :)

Follow by Email
Share